Tag 97

Heute mache ich einen Bootstrip mit meinen Arbeitskollegen. Das wird sicher nett!
Mit dabei sind Jasper, Milad, Benoit, Michael, Dorett, Bastian, Lennart und noch ein paar Leute.

Ich muss jetzt noch schnell mein Lunch packen.
Für alle habe ich mitgebracht:

- 7 Nektarinen
- Schokoladevla (Foto für vlantastisch) folgt
- eine holländische Köstlichkeit, deren Name mir schon wieder entfallen ist, 3 Pkg.

Für mich nehme ich mit:
- Müsliriegel
- evtl. 2 hartgekochte Eier
- evtl. Brot mit Schinken
- Wasser 1 L

Impressionen vom Kanutrip

Bastian, Michael, Benoit und Kun beim Einsteigen

Mit Milad und Brendan im Boot

Jasper, seine Freundin und Lennart

Tapfer kämpften wir uns durch allerlei Gesträuch und Gestrüpp

Nils und Jesse

Dorett und Michael

Bastian ist immer für einen Grinser zu haben

Bastian, Kun und Benoit

Eine Kanufahrt ist lustig

Wir fahren viel im Zickzack

Mit Brendan und Milad

Ein fremdes Paddel grüßt uns

Manchmal mussten wir die Kanus schleppen

Mittagspause mit Sushi

Leider fing es an zu regnen

Bastian photobombt das Gruppenfoto

Mit Lennart beim Lunch

schnell eine rauchen...

Weiter geht es durch eine schmale überdachte Rinne

Gruppenfoto

hier heißt es Kopf einziehen

...und wieder ausstrecken

Benoit und Kun im selben Boot

Kleine Pause auf dem Wasser

Beim Aussteigen

Eine Fördervorrichtung bringt das Kanu ans andere Ufer. Wir müssen über die Brücke drüber gehen.

Verrückte Holländer: Nils und Jesse beim erfrischenden Bad

Tag 96

Heute war ich in der Früh schwimmen. Das war eine Superidee! Eigentlich sollte ich das jeden Morgen machen. Man fühlt sich danach fit, wach und happy. Allerdings setzt etwas später am Vormittag dann auch eine leichte Müdigkeit vom Training ein.
Ich habe mein Gel wiederholt, leider liefert es immer noch keine vielversprechenden Ergebnisse. Ich werde die Transformation daher auf altbewährte Weise mit einem Insert auf einmal machen und beide Inserts nacheinander in den Vektor klonieren müssen.

Ich habe heute etwas Lustiges in der Arbeit gesehen:

Das untere Bild ist der Picard-Riker-double facepalm. Ich musste so lachen, als ich das gesehen habe... einfach nur genial!

Am Abend war ich radfahren und danach kurz Laufen, es war wunderschön.

Tag 95

Mein Gel war uneindeutig. Daher werde ich es wiederholen.
Am Nachmittag haben wir einen Calcium-FRET-Sensor gemessen. Die FRET pairs dürften funktionieren, aber bei der Zugabe von Calcium erfolgt keine Änderung. Die Bindungsdomäne ist winzig. Es kann sein, dass beide Fluorophore zu starr sind und sich nicht gut bewegen können, was das Binden verhindern könnte. Daher ist die Idee, die Linker zwischen den Fluorophoren und dem Sensor zu verlängern. Als Aminosäuren werden hier Glycine genommen, da sie aufgrund ihres kleinen Restes hohe räumliche Flexibilität bieten. Alternativ kann man auch Alanin oder Serin nehmen.

Am Abend war ich für das Schwimmtraining zu müde. Es war ein verdammt warmer Tag, obwohl das Wetter schon angenehmer als am Vortag war.

Tag 94

Auch am zweiten Gel haben wir keine positiven Transformanten gefunden. Es könnte aber sein, dass es trotz positiver Positivkontrolle und negativer Negativkontrolle ein Problem mit der PCR gibt. Daher habe ich gestern die vielversprechendsten Kolonien gezüchtet und heute minigepreppt, um einen Verdau mit ihnen zu machen und ihn auf ein Gel zu laden.

Heute war es so schwül, dass ich sonst nichts erledigen konnte. Ich war einfach total müde.

Am Nachmittag war der Stairway to Heaven Run. Es ist total frustrierend, als Letzte ins Ziel zu kommen. Für 4,4 km mit vielen Höhenmetern Unterschied habe ich 28 Minuten gebraucht. Da ich keine Erwartungen an mich hatte, bin ich mit dem Endergebnis recht zufrieden.

am Start mit Liping Yu

Tag 93

ColonyPCR, die Zweite.
Man kommt sich vor wie beim Lottospielen: man sucht diejenigen Kolonien heraus, die noch am ehesten vielversprechend sind... morgen werde ich sie auf ein Gel laden und mir ansehen.

Heute war es sehr heiß. In der Arbeit klebt einem der Mantel an der Haut, man wird in Schweiß gebadet.

Am Abend war ich bei Kal, er hat für uns Falafel mit Gurken und Tomaten gekocht. Seine Wohnung ist lustigerweise gleich um die Ecke von meiner.

Tag 92

Die größte Herausforderung in der Arbeit ist, trotz frustrierenden Ergebnissen weiterzuarbeiten. Bei meinen Transformanten konnte ich das gewünschte Insert laut Gel von keinem einzigen Transformanten amplifizieren. Das heißt aber nicht unbedingt, dass es nicht vorhanden ist. Daher werde ich eine zweite ColonyPCR machen, aber mit anderen Primern.

Am Abend habe ich Kaiserschmarrn für Sajen und Lennart 2 gekocht. Letzterer hat mir mit dem Anbraten sehr geholfen. Sajen hat Vanilleeis mitgebracht! :)

Tag 91

Heute war ich mit Sajen im Zwembad "De Vrije Slag" in Bennekom. Es ist ein Outdoor-Schwimmbad. Eintritt pro Person € 4,50.

Das Wetter war herrlich! Man konnte in der Sonne liegen. Es waren ziemlich wenige Leute im Pool. Lag auch daran, dass das Wasser eher noch kalt war.

Der Familienpool

Das Sportbecken

Daneben gibt es noch ein Planschbecken für die Kleinsten, einen Sandspielplatz und schöne Wiesen.

Am Abend war das Barbecue von Tartletos. Für 5 Euro ein wahres Fest der Genüsse! Es gab nichts, was es nicht gab. Von den Beilagen wie verschiedenen Salaten und Tsatsiki über gebratene Zucchini, Sojaleibchen, Wurst, Speck, Spieße, Rind, Hamburger, Schwein, Maiskolben bis hin zu Marshmallows und Eis als Dessert   fehlte nichts. Auch nicht das stimmungsvolle Lagerfeuer. Sollte ich Fotos bekommen, werden diese hier gepostet werden.

Ik oefen nu met Eline Nederlands te spreken. :-) Manchmal habe ich nicht gecheckt, was sie sagen wollte, dann haben wir wieder auf Englisch gewechselt, aber manches funktioniert schon ganz gut!

Tag 90

Heute habe ich endlich Zeit für meine Protokolle von der Uni, einen Haarschnitt und mein heißgeliebtes Schwimmtraining. Donnerstags werde ich hoffentlich in Zukunft mit Lennart 1 und seinem Freund mitkommen, die mich dann coachen können. Triafreunde sind irrsinnig praktisch!

Den Friseur werde ich auf gut Glück aussuchen. Ich glaube, dass mir so eine Frisur gut passen würde. Mal schauen, wie das wird.

Lennart 2 hat das Kitesurfing auf übernächste Woche verschoben, kommt dafür aber zum Kanutrip nächsten Samstag mit meinen Kollegen von der Uni mit.

Morgen gibt es ein Barbecue von Tartletos, das wird sicher gezellig.

*Lennart 1 = mein Triafreund
*Lennart 2 = mein deutscher Kollege
*Lennart 3 = der Radtrip-Organisator
*Lennart 4 = ein Kollege von Tartletos

Dieser Name ist eindeutig zu häufig...

Meine neue Frisur

(c) Kappershuis ter Velde

Tag 89

Meine Transformationen haben funktioniert!

Auf fast allen meiner Platten sind Transformanten gewachsen. Es sollten eigentlich nur diejenigen wachsen, die das Plasmid richtig drinnen haben. Warum? Weil die drei Bausteine meiner Ligation nicht-kompatible sticky ends haben. Auf dem Rückgrat des Vektors ist eine Amp-Resistenz. Nur wenn sich die sticky ends richtig zusammenfügen, ist der Vektor komplett, kann aufgenommen und abgelesen werden. Nur dann können sie auf Amp wachsen. Zumindest in der Theorie.

In der Praxis schaut das schon wieder anders aus. Mein Kollege Mark hatte eine Erfolgsrate von ca einem Transformanten in 20. Ich habe meinen Vektor nicht dephosphoryliert, dachte mir aber, es ist in diesem Fall egal, da er nicht religieren sollte, weil die Enden nicht kompatibel sind.

Um zu prüfen, ob meine Viecherl das Konstrukt haben, musste daher wieder eine Colony-PCR gemacht werden. Am Montag werde ich sie auf ein Gel laden, dann kommt die Stunde der Wahrheit...

Hier in Wageningen gibt es tolle Veranstaltungen zur 750-Jahr-Feier. Gleich neben meinem Haus ist ein kleiner Kirtag mit Zuckerwatte, Hochschaubahnen, Autodrom... Fotos folgen!

Tag 88

Heute habe ich elektrokompetente Zellen gemacht. Ich bin sehr früh aufgestanden und habe sie ab halb neun wachsen lassen. Danach OD gemessen, bis sie eine OD600 von 0.55 erreicht hatten.
Das elektrokompetente Zellen herstellen ist nicht so schwer (hoffentlich hat es gut funktioniert - ich habe es noch nie gemacht). Die Zellen werden geerntet, ein paarmal in kaltem Wasser und schließlich in 10% Glycerol resuspendiert. Die Zentrifugationsschritte und Inkubationsschritte dazwischen brauchen ziemlich viel Zeit. Alles wird auf Eis oder bei 4 Grad gemacht. Am Ende wird das Pellet in sehr wenig 10% Glycerol resuspendiert und in 50 µL in Eppis aliquotiert. Diese werden dann schockgefroren, indem man sie in flüssigen Stickstoff wirft. Juhu, flüssiger Stickstoff! Das fand ich sehr unterhaltend. Anschließend werden sie mit einer Zange herausgefischt und bei -80°C gelagert. Ein bisschen schade finde ich, dass man mit Unmengen an Kultur (ca 500 mL) startet und dann am Ende gerade mal 20-25 Aliquote an Zellen herauskommen.

Am Abend wollte ich schwimmen gehen, fühlte mich aber nicht gesund. Daher machte ich mich schlau, welche Ärzte es hier gibt. Es gibt hier einige Ordinationen in Wageningen. Das System funktioniert ähnlich wie bei uns. Es gibt einen Hausarzt, der einen in spezielleren Fällen an einen Facharzt überweisen muss. Die Fachärzte und ein Spital sind in der nächstgelegenen Stadt, Ede. Es gibt eine Ordination, die auch für Studenten zuständig ist. Man muss sich für eine Untersuchung anmelden. Ob ich im akuten Schmerzfall einfach so hingehen hätte können, weiß ich nicht, hoffe ich aber. Zum Glück hat sich mein vorübergehender Schmerz dann doch nicht als ernst herausgestellt und ich bin gesund. Gut zu wissen aber, dass es Ärzte gibt, wenn man sie braucht.

Russisches Inokulieren für Chemiker 2 - diesmal nicht mit Tape, sondern mit Papier zum Ausstopfen. Ein Gestell in der Größe von 2 L gab es nicht

Klassischer Fall von zu sterilem Arbeiten... ups

Tag 87

Heute habe ich die Herstellung der elektrokompetenten Zellen neu gestartet - Medien hergestellt und noch einmal inokuliert.
Für meine beiden Konstrukte habe ich meine Plasmide geschnitten, extrahiert und gereinigt. Dann habe ich sie mit triple-point ligation in E.coli TH-alpha und Rosetta transformiert. In erstere, um die Plasmide sauber aufarbeiten zu können; in zweitere, um das Konstrukt in hohen Mengen produzieren zu können.

Gemalt habe ich auch... ^^

Tag 86

Heute war wieder einmal so ein Tag, den man als Ganzer in die Tonne kippen könnte. Gott sei Dank habe ich heute Abend Schwimmtraining, sonst müsste ich meinen Frust anders rauslassen.

Gute Nachricht des Tages: Wenn man Rosetta-Stämme in LB-Amp allein züchtet, verlieren sie ihr Chloramphenicolplasmid (das war diesmal beabsichtigt). Mit dem Chl-Plasmid produzieren sie mehr, aber für das präparative Arbeiten ist es besser, dass sie nur das Amp-Plasmid haben, da einem sonst das andere Plasmid zB. beim Extrahieren vom Gel dazwischen funkt.

Abgesehen davon: Ich wollte elektrokompetente Zellen machen. Allerdings ist das Protokoll dafür sehr optimistisch - meistens brauchen sie länger als drei Stunden, um in der richtigen Wachstumsphase zu sein. Am Nachmittag ging sich dann das Vorbereiten nicht mehr aus. Außerdem hatte ich chemisch kompetente Zellen verwendet - derselbe Stamm, aber man sollte immer elektrokompetente zum Inokulieren für neue elektrokompetente Zellen nehmen, auch wenn es vielleicht keinerlei Auswirkungen hat, wenn man chemisch kompetente dafür nimmt. Daher: sehr früh in der Früh inokulieren, das elektrokompetent machen dauert einen ganzen Nachmittag. Alles noch einmal machen... Das einzig positive ist: ich habe zwei Fehler auf einmal gemacht, da ärgert man sich nicht ganz so. Wenn ich nur einen Fehler gemacht hätte, hätte ich mich über den einen umso mehr geärgert.
Das heißt: Alles nochmal...

Heute ist der Elektriker da, um die Beleuchtung zu überprüfen. Ich hoffe, dass es zu keinem Stromausfall kommt.
Bis bald!

Tag 85

Heute habe ich die Vorbereitungen für das Gewinnen von elektrokompetenten Zellen getroffen - wieder was Neues gelernt! -, morgen werde ich OD messen und dann viel zentrifugieren, alles auf Eis.

Ich mag jetzt Kaffee...! Heute habe ich dank Lennart eine Melange getrunken (dafür braucht man eine Mitarbeiterkarte ^^).
Heute habe ich außerdem Platten gegossen. Am späteren Nachmittag habe ich mich meinem Nebenprojekt, dem Khanbrick, gewidmet. Benannt nach dem Star Trek-Bösewicht Khan, im aktuellen Into Darkness dargestellt von einem grandiosen Benedict Cumberbatch.

Dieses Monat bin ich außerdem für die Haushaltsartikel in unserer Wohnung zuständig. Die Beleuchtung funktioniert nur teilweise. Morgen kommt ein Elektriker, um sie zu überprüfen.

Tag 84

Heute geplant:
Schwimmen, laufen und radeln... je nachdem, wie k. o. ich dann schon bin. Zwei der drei Einheiten würde ich gerne schaffen, die dritte nach Möglichkeit auch.

Edit:
Da meine Radeinheit anstrengend ist, habe ich sie auf morgen verlegt...

Tag 83 - Haringvliet und Delft

Heute hatte ich eine gute Ausrede, das Tria-Training zu verschieben. Wir waren mit IxESN in Haringvliet und Delft.

Haringvliet
ist die wichtigste Schleusenanlage in Holland. Nach der verheerenden Flut 1953 wurde die Anlage gebaut. Mit ihr wurde das Flussdelta von Rhein und Maas von der See abgeriegelt. 17 Schleusen lassen Süßwasser in Richtung der See durch, sodass der Wasserpegel auf Süßwasserseite möglichst konstant bleibt. Bei Flut kann von der Meerseite Wasser auf die andere Seite durchgelassen werden.

Haringvlietdamm, Süßwasserseite

Süßwasserseite

Süßwasserseite

Salzwasserseite

Bei Flut bewegen sich die weißen Arme nach unten und lassen kein Wasser mehr durch. Sonst sind sie unterschiedlich geöffnet, je nachdem, wieviel Wasser Rhein und Maas gerade führen.

Oben am Haringvlietdamm (Meerseite) ist eine Bundesstraße

Haringvliet von oben

Ich hätte Lennart fast einen Holzschuh-Flaschenöffner mitgenommen (kleiner Insiderwitz)

Der Souvenirshop war in einem Gebäude, in dem sich auch eine Ausstellung mit einem Modell zur Funktionsweise des Dammes befand. Außerdem sahen wir zwei Filme - eine über die Flut und einen über den Haringvlietdamm. Leider sah man das Jahr der Entstehung nicht. Ich könnte wetten, der Film war aus den Siebzigern oder Achtzigern. Das sorgte ebenfalls für Unterhaltung.

Delft

ist eine wunderschöne Stadt, viel "holländischer" als Wageningen. Die Grachten sind wunderschön.

Gruppenfoto. Aufgrund meiner Lieblingsfarbe bin ich wie immer unschwer zu erkennen...

Ein Teil unserer Gruppe

Bald nach unserer Ankunft waren wir auf einer Bootsfahrt, bei der uns zwei Skipper von der TU Delft allerhand Wissenswertes über die Stadt erzählten. So wurde der Erfinder des Mikroskops, Antoni van Leeuwenhoek, hier geboren. Jan Vermeer lebte in Delft. Es gab hier 200 Bierbrauereien! Nachdem Studenten hier wohnen, gibt es auch nach wie vor hohen Bierkonsum...

Die Anzahl der Fenster in den Häusern am Fluss demonstrierte den Reichtum der Erbauer, weil es eine Steuer gab, aufgrund derer man für jedes Fenster Steuer zahlen musste. Ein findiger Kerl las die Bestimmungen und fand heraus, dass per Definition der Eingang dort ist, wo die Eingangstür ist. Er baute also ein Haus am Fluss mit vielen Fenstern, die Eingangstür aber auf der Rückseite und dort nur ein Fenster. Somit sah es reich aus, ohne dass er viel zahlen musste.

Besonders interessant ist auch der Turm von Delft. Er wurde unten mit Kuhfellen gegen das Wasser abgedichtet, doch diese verrotteten und das Wasser drang ein, sodass sich der Turm Richtung Fluss neigte. Es wurde versucht, dies auszugleichen und optisch zu schummeln. So ist der eine Spitzturm mit schwerem Gewicht gefüllt und etwas kürzer als der andere. Einer der Löwen unterhalb der Uhr ist etwas größer als der andere.

Das kleinste Museum der Welt. Jeden Monat kann hier ein neuer Künstler etwas ausstellen.

Der Hauptplatz. Er hat seine mittelalterliche Form behalten.

Abendessen zu dritt mit Marta und Fran: kleine warme Fleischbällchen, angeblich typisch Holländisch, mit Senf. Daneben: Leffe - typisches Bier

Mein erstes Bier! Hier ganz vorne zu sehen, mit ein bisschen Honig, belgisch. Links: "Delirium", Bier des Jahres 2009, von Fran. Rechts: Tripel-Bier für Marta. Alle belgisch.

Der Kirchturm der Nieuwe Kerk. Während dem Bau ging das Geld aus, sodass mit den billigsten Materialien gearbeitet werden musste. Es wurden verschiedene Materialien verwendet und manche Kirchenfenster wurden mit Stein geschlossen, um nicht soviel Geld für Fenster ausgeben zu müssen.

Jan Vermeer-Zentrum

Das Rathaus am Hauptplatz